Arc bioinformatics forskare @noamteyssier och @a_dobin har precis släppt cyto, en ultra-höggenomströmningsprocessor som är specifikt optimerad för @10xGenomics Flex single-cell data. Vi är glada över att göra denna resurs öppen källkod:

Vid tester på en Flex-datamängd med 320 000 celler slutförde cyto bearbetningen på 13 minuter med avsevärt lägre minnes- och diskanvändning samtidigt som resultaten var nästan identiska. Viktigt är att dessa vinster kommer från algoritmisk effektivitet, inte bara parallellism.

När enkelcelldataset skalar upp ökar efterfrågan på bearbetning. cyto utnyttjar den fasta strukturen i Flex-bibliotek, vilket möjliggör effektivare databehandling och gör plattformen ännu kraftfullare för forskare. Hör om det från utvecklaren @noamteyssier: