Các nhà khoa học sinh học thông tin Arc @noamteyssier và @a_dobin vừa mới phát hành cyto, một bộ xử lý siêu tốc độ cao được tối ưu hóa đặc biệt cho dữ liệu tế bào đơn @10xGenomics Flex. Chúng tôi rất vui mừng khi làm cho tài nguyên này trở thành mã nguồn mở:

Trong thử nghiệm trên tập dữ liệu Flex 320.000 ô, cyto đã hoàn thành quá trình xử lý trong 13 phút với mức sử dụng bộ nhớ và đĩa thấp hơn đáng kể trong khi vẫn tạo ra kết quả gần như giống hệt nhau. Quan trọng là, những cải tiến này đến từ hiệu quả thuật toán, không chỉ đơn thuần là song song hóa.

Khi các tập dữ liệu đơn bào mở rộng, nhu cầu xử lý tăng lên. cyto tận dụng cấu trúc cố định của các thư viện Flex, cho phép xử lý dữ liệu hiệu quả hơn và làm cho nền tảng trở nên mạnh mẽ hơn cho các nhà nghiên cứu. Nghe về điều này từ nhà phát triển @noamteyssier: