Arc bioinformatica wetenschappers @noamteyssier en @a_dobin hebben zojuist cyto uitgebracht, een ultra-hoge doorvoerprocessor die specifiek is geoptimaliseerd voor @10xGenomics Flex single-cell data. We zijn enthousiast om deze bron open source te maken:

Bij het testen op een Flex-dataset van 320.000 cellen, voltooide cyto de verwerking in 13 minuten met aanzienlijk lagere geheugenen schijfgebruik, terwijl het bijna identieke resultaten opleverde. Belangrijk is dat deze winst voortkomt uit algoritmische efficiëntie, niet alleen uit parallelisme.

Naarmate single-cell datasets groter worden, groeien de verwerkingsvereisten. cyto maakt gebruik van de vaste structuur van Flex-bibliotheken, waardoor efficiënter dataverwerking mogelijk is en het platform nog krachtiger wordt voor onderzoekers. Hoor er meer over van ontwikkelaar @noamteyssier: