Cthulhu anlände troligen till jorden i slutet av ordovicium, när den näst värsta massutrotningen inträffade. Den värsta utrotningen var perm, som orsakades av de flygande polyperna. De höll på att döda allt innan den stora rasen Yith drev dem under jorden. Polyperna fick en återkomst i slutet av kritaperioden, när de utrotade dinosaurierna och Yith-varelserna. Cthulhu reste sig kortvarigt i slutet av pleistocen och utplånade större delen av megafaunan och olika människoarter.