Cthulhu muhtemelen Ordovisyen'in sonunda, ikinci en kötü kitlesel yok oluşun gerçekleştiği dönemde Dünya'ya gelmiştir. En kötü yok oluş, uçan polipler nedeniyle Permiyen dönemi oldu. Büyük Yith ırkı onları yeraltına sürüklene kadar neredeyse her şeyi öldürüyorlardı. Polipler, Kretase sonunda, dinozorları ve Yith yaratıklarını öldürdüklerinde yeniden ortaya çıktı. Cthulhu, Pleistosen sonunda kısa bir süreliğine yükseldi ve megafaunanın çoğunu ve çeşitli insan türlerini yok etti.