Cthulhu saapui todennäköisesti Maahan ordovikikauden lopulla, jolloin tapahtui toiseksi pahin joukkosukupuutto. Pahin sukupuutto oli permikaudella, jonka aiheuttivat lentävät polyypit. He melkein tappoivat kaiken, ennen kuin suuri Yithin rotu ajoi heidät maan alle. Polyypit nousivat uudelleen käyttöön liitukauden lopussa, kun ne tappoivat dinosaurukset ja Yith-olennot. Cthulhu nousi lyhyesti pleistoseenin lopulla ja tuhosi suurimman osan megafaunasta sekä erilaisia ihmislajeja.