在伊斯蘭世界中，有一種迫害是通過教會結構和國家合作發生的。 這是當基督教領袖希望保護自己的地位或與政府保持良好關係時，最終服務於同一個使基督教變得脆弱的伊斯蘭議程。 在約旦，美國的基督教新教傳教士不止一次因為“官方教會”要求當局採取行動而被驅逐。受到國家承認的東正教層級提出投訴，幾天內傳教士就被驅逐。 政府不必解釋；他們可以簡單地說，“教會要求這樣做。” 在埃及也發生了同樣的事情。福音派教會的領袖向當局求助，要求關閉獨立教會。 在這兩種情況下，國家行動迅速，所有涉事人員都免於責備，因為命令來自“教會”。