在伊斯兰世界中，有一种通过教会结构和国家合作发生的迫害。 这发生在基督教领袖们为了保护自己的地位或与政府保持良好关系，最终服务于同样削弱基督教的伊斯兰议程时。 在约旦，美国的基督教新教传教士曾多次被驱逐，因为“官方教会”要求当局采取行动。被国家承认的东正教层级提出投诉，几天内传教士就被驱逐。 政府不需要解释；他们可以简单地说，“教会要求这样做。” 在埃及也发生了同样的事情。福音派教会的领导人向当局求助，要求关闭独立教会。 在这两种情况下，国家行动迅速，所有相关人员都免于指责，因为命令来自“教会”。