Le bureau des affaires politiques du département d'État est sa branche la plus liée à la CIA. Les fichiers JFK ont indiqué que 48 % du personnel des affaires politiques du département d'État était sous couverture de la CIA. Bill Burns était à la tête des affaires politiques puis est devenu directeur de la CIA. Victoria Nuland était à la tête des affaires politiques et est maintenant à la NED.