Une protéine qui stabilise les ARNm supresseurs de cancer s'avère être un frein clé à la métastase du cancer du sein. Un article du chercheur principal @genophoria et de son laboratoire dans @ScienceAdvances retrace le mécanisme à la dégradation de l'ARN et à une protéine liant l'ARN que la plupart des études ont négligée.

L'expression génique dans les tumeurs est généralement attribuée à des changements génétiques et épigénétiques. Mais lorsque l'équipe a profilé les taux de dégradation de l'ARN dans six lignées cellulaires de cancer du sein, la transcription seule laissait une grande part de la variabilité de l'expression inexpliquée. Cette lacune a mis en évidence la stabilité de l'ARNm.

Pour cartographier les régulateurs qui en sont à l'origine, l'équipe a développé GreyHound, un modèle d'apprentissage profond qui prédit la stabilité des transcrits à partir des caractéristiques de séquence d'ARN et de l'expression des protéines liantes à l'ARN (RBP) simultanément à travers les types cellulaires.

Le régulateur le plus prédit était RBMS3. Le CLIP-seq a confirmé la liaison directe aux éléments 3'UTR riches en AUA ; les essais de rapporteur ont montré que ces sites sont nécessaires et suffisants ; le SLAM-seq a confirmé que l'effet est post-transcriptionnel, et non transcriptionnel.

Fonctionnellement, la perte de RBMS3 a augmenté la colonisation pulmonaire métastatique dans deux modèles de xénogreffe indépendants. Un criblage CRISPRi in vivo a ensuite identifié TXNIP, un suppresseur de tumeur, comme l'effecteur clé. Des expériences d'épistasie ont confirmé que RBMS3 agit en amont de TXNIP pour supprimer la métastase.

Le laboratoire Goodarzi recrute un chercheur postdoctoral conjoint. Voir les postes ouverts chez Arc :