Ett protein som stabiliserar cancerhämmande mRNA visar sig vara en viktig broms mot bröstcancermetastaser. En artikel från Core Investigator @genophoria och laboratorium i @ScienceAdvances spårar mekanismen bakom RNA-sönderfall och ett RNA-bindande protein som de flesta studier har förbises.

Genuttryck i tumörer tillskrivs vanligtvis genetiska och epigenetiska förändringar. Men när teamet profilerade RNA-sönderfallshastigheter över sex bröstcancercellinjer, lämnade transkriptionen ensam en stor del av uttrycksvariationen oförklarad. Den skillnaden pekade på mRNA-stabilitet.

För att kartlägga regulatorerna bakom utvecklade teamet GreyHound, en djupinlärningsmodell som förutsäger transkriptstabilitet utifrån RNA-sekvensegenskaper och RNA-bindande proteinuttryck (RBP) samtidigt över celltyper.

Den högst förutspådda regulatorn var RBMS3. CLIP-seq bekräftade direkt bindning vid AUA-rika 3'UTR-element; Reporteranalyser visade att dessa platser är nödvändiga och tillräckliga; SLAM-seq bekräftade att effekten är posttranskriptionell, inte transkriptionell.

Funktionellt ökade RBMS3-förlusten metastaserad lungkolonisering i två oberoende xenograftmodeller. En in vivo CRISPRi-screening identifierade sedan TXNIP, en tumörsuppressor, som den viktigaste effektorn. Epistasexperiment bekräftade att RBMS3 verkar uppströms från TXNIP för att hämma metastaser.

Goodarzi-laboratoriet anställer en gemensam postdoktoral forskare. Se öppna roller i Arc: