がん抑制性mRNAを安定化させるタンパク質が、乳がん転移の重要な抑制要因であることが判明しました。 @ScienceAdvances年のCore Investigator @genophoria and labの論文は、RNA崩壊のメカニズムと、多くの研究が見落とされがちなRNA結合タンパク質のメカニズムをたどっています。

腫瘍における遺伝子発現は通常、遺伝的およびエピジェネティックな変化に起因します。しかし、研究チームが6つの乳がん細胞株にわたるRNA崩壊率をプロファイリングしたところ、転写だけでは発現の多様性の大部分が説明がつかなかった。 そのギャップはmRNAの安定性を示していました。

その背後にある調節因子をマッピングするために、チームはGreyHoundという深層学習モデルを開発しました。これは、RNA配列の特徴とRNA結合タンパク質(RBP)発現を細胞型間で同時に予測するディープラーニングモデルです。

最も予想されていた規制当局はRBMS3でした。CLIP-seqはAUA豊富な3'UTR元素での直接結合を確認し、報告者の分析では、これらのサイトは必要かつ十分であることが示されました。SLAM-seqはこの効果が転写後であって転写性ではないことを確認しました。

機能的には、RBMS3の喪失は2つの独立した異種移植モデルで転移性肺の定着を促進しました。in vivoのCRISPRiスクリーニングにより、腫瘍抑制因子であるTXNIPが主要な効果因子であることが特定されました。エピスタシス実験により、RBMS3がTXNIPの上流で転移を抑制することが確認されました。

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