Kanseri baskılayan mRNA'ları stabilize eden bir protein, meme kanseri metastazında önemli bir fren olduğu ortaya çıkıyor. Core Investigator @genophoria ve laboratuvar @ScienceAdvances'de yayımlanan bir makale, çoğu çalışmanın gözden kaçırdığı RNA bozunması ve RNA bağlayıcı proteinin mekanizmini izliyor.

Tümörlerde gen ekspresyonu genellikle genetik ve epigenetik değişikliklere bağlanır. Ancak ekip, altı meme kanseri hücre hattında RNA bozunma oranlarını profil ettiğinde, transkripsiyon sadece ifade değişkenliğinin büyük bir kısmını açıklanmadan bıraktı. Bu boşluk mRNA stabilitesine işaret ediyordu.

Arkasındaki düzenleyicileri haritalamak için ekip, RNA dizisi özelliklerinden transkript stabilitesini ve RNA bağlayıcı protein (RBP) ifadesini hücre tipleri arasında aynı anda tahmin eden derin öğrenme modeli GreyHound'u geliştirdi.

En çok tahmin edilen düzenleyici RBMS3 idi. CLIP-seq, AUA açısından zengin 3'UTR elemanlarında doğrudan bağlanmayı doğruladı; muhabir testleri bu sitelerin gerekli ve yeterli olduğunu gösterdi; SLAM-seq etkisinin transkripsiyonel değil, post-transkripsiyonel olduğunu doğruladı.

Fonksiyonel olarak, RBMS3 kaybı iki bağımsız xenograft modelinde metastatik akciğer kolonizasyonunu artırdı. Sonra in vivo CRISPRi taraması, tümör baskılayıcı olan TXNIP'i ana efektör olarak belirledi. Epistasis deneyleri, RBMS3'ün TXNIP'in yukarısında metastazi bastırmak için etkili olduğunu doğruladı.

Goodarzi Laboratuvarı, ortak bir doktora sonrası araştırmacı işe alıyor. Arc açık rollerine bakınız: