Een eiwit dat kankerverdringende mRNA's stabiliseert, blijkt een belangrijke rem te zijn op de metastase van borstkanker. Een paper van Core Investigator @genophoria en lab in @ScienceAdvances traceert het mechanisme naar RNA-afbraak en een RNA-bindend eiwit dat in de meeste studies over het hoofd is gezien.

Genexpressie in tumoren wordt doorgaans toegeschreven aan genetische en epigenetische veranderingen. Maar toen het team de RNA-afbraakpercentages in zes borstkankercellijnen in kaart bracht, bleef een groot deel van de variabiliteit in expressie onverklaard door alleen transcriptie. Die kloof wees op de stabiliteit van mRNA.

Om de toezichthouders erachter in kaart te brengen, ontwikkelde het team GreyHound, een deep learning-model dat de stabiliteit van transcriptie voorspelt op basis van RNA-sequentiekenmerken en de expressie van RNA-bindende eiwitten (RBP) tegelijkertijd over celtypen.

De top voorspelde regulator was RBMS3. CLIP-seq bevestigde directe binding aan AUA-rijke 3'UTR-elementen; reporter-assays toonden aan dat die sites noodzakelijk en voldoende zijn; SLAM-seq bevestigde dat het effect post-transcriptioneel is, niet transcriptioneel.

Functioneel gezien verhoogde RBMS3-verlies de metastatische longcolonisatie in twee onafhankelijke xenograftmodellen. Een in vivo CRISPRi-screen identificeerde vervolgens TXNIP, een tumorsuppressor, als de belangrijkste effector. Epistase-experimenten bevestigden dat RBMS3 stroomopwaarts van TXNIP werkt om metastase te onderdrukken.

Het Goodarzi Lab is op zoek naar een gezamenlijke postdoctoraal onderzoeker. Bekijk de openstaande functies bij Arc: