Et protein som stabiliserer kreftundertrykkende mRNA viser seg å være en nøkkelbrems mot brystkreftmetastaser. En artikkel fra Core Investigator @genophoria og laboratorium i @ScienceAdvances sporer mekanismen bak RNA-henfall og et RNA-bindende protein som de fleste studier har oversett.

Genuttrykk i svulster tilskrives vanligvis genetiske og epigenetiske endringer. Men da teamet profilerte RNA-nedbrytningsrater over seks brystkreftcellelinjer, etterlot transkripsjon alene en stor andel av uttrykksvariasjonen uforklart. Dette gapet pekte på mRNA-stabilitet.

For å kartlegge regulatorene bak dette utviklet teamet GreyHound, en dyp læringsmodell som forutsier transkriptstabilitet fra RNA-sekvenstrekk og RNA-bindende protein (RBP)-uttrykk samtidig på tvers av celletyper.

Den mest forventede regulatoren var RBMS3. CLIP-seq bekreftet direkte binding ved AUA-rike 3'UTR-elementer; Reporteranalyser viste at disse stedene er nødvendige og tilstrekkelige; SLAM-seq bekreftet at effekten er post-transkripsjonell, ikke transkripsjonell.

Funksjonelt økte tap av RBMS3 metastatisk lungekolonisering i to uavhengige xenograft-modeller. En in vivo CRISPRi-screening identifiserte deretter TXNIP, en tumorsuppressor, som den viktigste effektoren. Epistase-eksperimenter bekreftet at RBMS3 virker oppstrøms for TXNIP for å undertrykke metastaser.

Goodarzi-laboratoriet ansetter en felles postdoktor. Se åpne roller i Arc: