Una proteina che stabilizza gli mRNA che sopprimono il cancro si rivela essere un freno chiave sulla metastasi del cancro al seno. Un articolo del ricercatore principale @genophoria e del laboratorio in @ScienceAdvances traccia il meccanismo alla degradazione dell'RNA e a una proteina legante l'RNA che la maggior parte degli studi ha trascurato.

L'espressione genica nei tumori è tipicamente attribuita a cambiamenti genetici ed epigenetici. Ma quando il team ha profilato i tassi di decadimento dell'RNA in sei linee cellulari di cancro al seno, la trascrizione da sola ha lasciato una grande parte della variabilità dell'espressione inspiegata. Questa lacuna ha indicato la stabilità dell'mRNA.

Per mappare i regolatori dietro di esso, il team ha sviluppato GreyHound, un modello di deep learning che prevede la stabilità del trascritto a partire dalle caratteristiche della sequenza di RNA e dall'espressione delle proteine leganti l'RNA (RBP) simultaneamente attraverso i tipi cellulari.

Il principale regolatore previsto era RBMS3. Il CLIP-seq ha confermato il legame diretto con gli elementi 3'UTR ricchi di AUA; gli esperimenti con reporter hanno mostrato che quei siti sono necessari e sufficienti; il SLAM-seq ha confermato che l'effetto è post-trascrizionale, non trascrizionale.

Funzionalmente, la perdita di RBMS3 ha aumentato la colonizzazione polmonare metastatica in due modelli di xenotrapianto indipendenti. Uno screening in vivo CRISPRi ha quindi identificato TXNIP, un soppressore tumorale, come l'effettore chiave. Esperimenti di epistasi hanno confermato che RBMS3 agisce a monte di TXNIP per sopprimere la metastasi.

Il Goodarzi Lab sta cercando un ricercatore post-dottorato congiunto. Vedi le posizioni aperte di Arc: