Protein yang menstabilkan mRNA penekan kanker ternyata menjadi rem kunci pada metastasis kanker payudara. Sebuah makalah dari Core Investigator @genophoria dan laboratorium di @ScienceAdvances melacak mekanisme peluruhan RNA dan protein pengikat RNA yang diabaikan sebagian besar penelitian.

Ekspresi gen pada tumor biasanya dikaitkan dengan perubahan genetik dan epigenetik. Tetapi ketika tim membuat profil tingkat peluruhan RNA di enam garis sel kanker payudara, transkripsi saja meninggalkan sebagian besar variabilitas ekspresi yang tidak dapat dijelaskan. Kesenjangan itu menunjuk pada stabilitas mRNA.

Untuk memetakan regulator di belakangnya, tim mengembangkan GreyHound, model pembelajaran mendalam yang memprediksi stabilitas transkrip dari fitur urutan RNA dan ekspresi protein pengikat RNA (RBP) secara bersamaan di seluruh jenis sel.

Regulator yang diprediksi teratas adalah RBMS3. CLIP-seq mengkonfirmasi pengikatan langsung pada elemen 3'UTR yang kaya AUA; Tes reporter menunjukkan situs-situs tersebut diperlukan dan memadai; SLAM-seq mengkonfirmasi efeknya pasca-transkripsi, bukan transkripsi.

Secara fungsional, kehilangan RBMS3 meningkatkan kolonisasi paru-paru metastatik dalam dua model xenograft independen. Skrining CRISPRi in vivo kemudian mengidentifikasi TXNIP, penekan tumor, sebagai efektor utama. Eksperimen epistasis mengkonfirmasi RBMS3 bekerja di hulu TXNIP untuk menekan metastasis.

Goodarzi Lab sedang mempekerjakan rekan pascadoktoral bersama. Lihat Peran terbuka busur: