Žebříček Obesity ML Challenge začíná ukazovat skutečné signály! Ve spolupráci s @Schmidt_Center používáme strojové učení k předpovědi, jak buňky reagují na změny ovlivňující vývoj a ukládání tuku. Navrhli jsme dvě hodnotící dráhy, abychom otestovali, jak dobře modely předpovídají, co se uvnitř buněk děje, když do nich zasahujeme. Toto vlákno vysvětluje, jak žebříček funguje...

Za prvé, co myslíme tím, že zasahujeme (nebo "rušíme") buňku? Perturbace je kontrolovaná změna, kterou aplikujeme na buňku, například zapnutí/vypnutí genu nebo přidání léku, abychom zjistili, jak buňka reaguje. Právě tuto odpověď má váš model předpovědět.

Výzva má dvě tratě, z nichž každá testuje jinou dovednost. Stopa 1: Metriky pokrývající celý transkriptom To pomůže odpovědět, zda váš model dokáže předpovědět, jak se exprese genů mění po narušení. Cesta 2: Metriky na úrovni programu To pomůže odpovědět, zda váš model dokáže předpovědět, do jakého stavu buňka skončí.

Stopa 1: Metriky pokrývající celý transkriptom Když narušíme buňku, mohou tisíce genů změnit její aktivitu. Tato skladba se ptá: Předpověděl váš model, které geny vzrostly, které klesly a o kolik? Hodnotíme to pomocí dvou metrik.

Metrika 1: Pearson Delta To měří, jak blízko jsou vaše předpovědi tomu, co se skutečně stalo. - Předpověděl jsi správný směr změny? - Předpověděl jsi správnou velikost? Čím blíž zápasy, tím vyšší skóre.

Metrika 2: Maximální průměrná nesrovnalost (MMD) Místo kontroly genů jeden po druhém MMD zkoumá celkový obraz. Ptá se: - Vypadá tvé předpokládané rozložení genové exprese jako to skutečné? To pomáhá odhalit modely, které postrádají celkovou strukturu.

Cesta 2: Metriky na úrovni programu Geny spolupracují, aby buňky převedly do biologických stavů. Po narušení se buňka může změnit do: - předtuk - zralý tuk - režim ukládání tuku Tato stopa kontroluje, zda váš model tyto výsledky správně předpovídá.

Měříme to pomocí něčeho, čemu se říká "L1 vzdálenost". Srovnává: - reálný podíl buněk v každém stavu VS - předpokládané poměry vašeho modelu Čím menší vzdálenost, tím lepší je pochopení toho, čím se buňka stává.