Білок, який стабілізує мРНК, що пригнічують рак, виявляється ключовим гальмом для метастазування раку молочної залози. У статті Core Investigator @genophoria та лабораторії у @ScienceAdvances механізм простежується до розпаду РНК і білка, який більшість досліджень ігнорують.

Експресія генів у пухлинах зазвичай пояснюється генетичними та епігенетичними змінами. Але коли команда профілювала швидкість розпаду РНК у шести лініях клітин раку молочної залози, сама транскрипція залишила значну частину варіативності експресії незрозумілою. Цей розрив вказував на стабільність мРНК.

Для картографування регуляторів, що стоять за нею, команда розробила GreyHound — модель глибокого навчання, яка одночасно прогнозує стабільність транскриптів за особливостями послідовності РНК та експресією білків, що зв'язують РНК (RBP), між типами клітин.

Головним прогнозованим регулятором став RBMS3. CLIP-seq підтвердив пряме зв'язування на AUA-багатих 3'UTR елементах; Аналізи репортерів показали, що ці місця необхідні та достатні; SLAM-seq підтвердив, що ефект є посттранскрипційним, а не транскрипційним.

Функціонально втрата RBMS3 збільшила метастатичну колонізацію легені у двох незалежних ксенотрансплантатних моделях. Потім скринінг in vivo CRISPRi виявив TXNIP, супресор пухлин, як ключовий ефектор. Експерименти з епістазом підтвердили, що RBMS3 діє перед TXNIP для пригнічення метастазування.

Лабораторія Гударзі наймає спільного постдокторанта. Дивіться відкриті ролі Arc: